Die Sonderausstellungen des Museums widmen sich seinem Verantwortungsbereich. Die Ausstellungen gehen von Fragestellungen in Verbindung mit dem Kreis der Fünenmaler, dem Bildhauer Kai Nielsen und dem Museum als Gesamtkunstwerk aus. Davon ausgehend können Verbindungen zur gegenwärtigen Kultur gezogen werden. Das gilt unter anderem für die Einordnung der Sammlung und des Museums hinsichtlich der zeitgenössischen Literatur und heutiger Künstlerkolonien als auch hinsichtlich der Entwicklung der Gesellschaft, sowohl regional als auch national und international. Dieses Themengebiet kann auch durch Gegenwartskunst erweitert werden.