Akvarellen har som medie været en central del af Fynbomalernes virke, og akvareller udgør derfor også en væsentlig del af Faaborg Museums samling. Da museet åbnede i 1910, fik kunstnerne frie hænder til selv at skabe de første ophængninger af deres værker, og her indgik akvarellen på lige fod med oliemalerier. Det var på den tid ikke helt almindeligt at blande forskellige medier, og det vidner om, at Fynbomalerne betragtede akvarellen som et selvstændigt og fuldendt kunstværk og ikke kun som forarbejde eller skitse til oliebilleder.

Anna Syberg (1870-1914) malede næsten kun akvareller og er en af de allermest afholdte kunstnere i kunstnerkredsen, der knytter sig til Faaborg Museum. Også hendes mand, Fritz Syberg (1862-1939) havde i dele af sin kunstnerkarriere stærkt fokus på akvarellen. Mange kender Johannes Larsen (1867 – 1961) fra hans tegninger og akvarelstudier af fugle og dyr, og Peter Hansen (1868 – 1929) har også lavet en del fine motiver i akvarel. På udstillingen vil der være en bred repræsentation af museets akvareller hovedsagelig udført af disse for Faaborg Museum helt centrale kunstnere.

Da museets akvareller er følsomme over for lys og klima (luftfugtighed), indgår de af bevaringshensyn ikke i museets faste samlingsophængning i den historiske og fredede museumsbygning. Da de samtidig er en central del af Fynbomalernes virke, inddrages de løbende i udstillinger i museets tilbyggede særudstillingsfløj, hvor både lys og klima bedre kan kontrolleres. Denne udstilling præsenter således udelukkende værker fra museets egne samling.