Sidst i 1880’erne opstod der en kunstnerkoloni i Faaborg. Fritz Syberg, Peter Hansen og Anna Hansen (gift Syberg) kom fra Faaborg og vendte tilbage efter at have fuldført deres kunstneriske uddannelse i København på Kristian Zahrtmanns skole. Faaborg Museum knytter sig til denne kunstnerkoloni, som er en af de vigtigste i Danmark.
Fynboerne fik det lidt negativt ladede navn bondemalerne, fordi de stod for en kunst, der lagde afstand til storbyens liv. Som de andre kunstnerkolonier i slutningen af 1800-tallet søgte de et alternativ til storbyernes etablerede kunstliv og en forening af kunst og liv. De ønskede at dyrke kunsten, naturen og livet og at skabe en arkitektur-, bolig- og livsstil, der afspejlede de kunstneriske idealer.
Skagens Museum er et andet dansk eksempel på en kunstnerkoloni med et museum. Det blev stiftet i 1908 i Brøndums spisesal og havde malerne Michael Ancher, P.S. Krøyer og Laurits Tuxen i den første bestyrelse, Der findes også tyske eksempler, hvor kunstnerkolonierne i Mathildehöhe og Worpswede har markante bygninger skabt til kunsten og kunstnerne.
For museets mæcen Mads Rasmussen var det kunstnerkolonien, der gjorde, at museet blev placeret i Faaborg. I en tale ved museets åbning i 1910 fremhævede han sin egen og kunstnernes tilknytning til byen og landskabet omkring: ”denne lille By ligger jo midt i den frodige, skønne, fynske Natur (…) Byen egner sig derfor fortrinligt til at indeholde en Repræsentation af det Fynboerne har kunnet udrette i Kunst, hvortil Grundlaget netop blev lagt i Faaborg (…) I Faaborg er en Del af vore Malere fødte, og andre er paa anden Maade knyttede til Byen, saa denne By er netop i udpræget Grad en Malerby”.
