Faaborg Museums stifter var Mads Rasmussen (1856-1916). Han var en vigtig erhvervsmand i Faaborg og havde i 1888 stiftet en andelskonservesfabrik efter at have undersøgt de nyeste produktionsmetoder i USA. I 1896 flyttede han ind i den lejlighed i Konservesgården i Faaborg, som senere skulle blive til Faaborg Museums første lokaler. I 1906 blev Mads Rasmussens succesrige konservesfabrik i Faaborg sluttet sammen med det gamle konservesfirma J.D. Beauvais, og han flyttede til København.
Et usædvanligt museum tager form
Idéen om at skabe et museum opstod ved en sammenkomst hos Mads Rasmussen og hans hustru Kristine d. 22. februar 1910. Her var inderkredsen af fynboerne til stede med bl.a. Johannes Larsen, Fritz Syberg, Peter Hansen og Jens Birkholm. De blev alle del af den indkøbskomité, som kom til at fungere som styreorgan for museet i forhold til indkøb, ophængning og indretning. Det var dermed et kollektivt projekt, der blev finansieret af Mads Rasmussen. Det var uhørt at lade en kunstnergruppe skabe et museum på denne måde, og kunstnerne var bevidste om denne gavmildhed.
Museet åbnede i Mads Rasmussens sommerlejlighed i Konservesgården i 1910, men da samlingen voksede, besluttede han i 1912 at skænke en museumsbygning på nabogrunden.
Med en forholdsvis tilbagetrukket rolle adskilte Mads Rasmussen sig fra andre af tidens museumsstiftere. Han fik dog en fremtrædende plads på museet i kraft af Kai Nielsens portrætskulptur i Kuppelsalen, der viser ham prosaisk og smilende. Samtidig ærer skulpturen hans virke som fødevareproducent. Han er placeret på et møllehjul, og nøgne pigeskikkelser samler æbler ved hans fødder.