Museets særudstillinger har museets ansvarsområde som genstandsfelt. Udstillingerne tager udgangspunkt i problemstillinger knyttet til kredsen af fynske malere samt billedhuggeren Kai Nielsen og til museet som gesamtkunstværk. Med dette udgangspunkt kan der trækkes linjer til den samtidige kultur. Det gælder bl.a. en placering af samlingen og museet i forhold til den samtidige litteratur, i forhold til samtidige kunstnerkolonier og i forhold til udviklingen af det omgivende samfund, både regionalt, nationalt og internationalt. Dette genstandsfelt kan også perspektiveres med samtidskunst.