Museet viser altid et stort udvalg af værker fra egen samling i museumsbygningen fra 1915, som er skabt til disse kunstværker. I denne – museets ældste – del udgør Fynbomalernes forskelligartede billedkunst og Kai Nielsens skulpturer, Carl Petersens farverige arkitektur, Kaare Klints klassiske møbler og Knud V. Engelhardts grafiske design tilsammen et sjældent helstøbt Gesamtkunstwerk. De udstillede værker fra samlingen skifter, nyerhvervelser kommer frem, kendte værker fjernes midlertidigt for at berige andre museers udstillinger, og mindre kendte værker hænges med mellemrum op – alt sammen i et løbende flow, der giver både velkendte og nye kunstoplevelser fra besøg til besøg.